อาร์เอพีดี-พีซีอาร์ที่เหมาะสมในการเปรียบเทียบและจำแนกสายพันธุ์ละหุ่ง

การศึกษาการใช้เทคนิคอาร์เอพีดี-พีซีอาร์ที่เหมาะสมในการจำแนกสายพันธุ์ละหุ่ง 9 สายพันธุ์ เริ่มต้นจากการศึกษาเปรียบเทียบวิธีการสกัดดีเอ็นเอที่เหมาะสมของละหุ่ง 3 วิธี พบว่า วิธี 2% CTAB ที่มีการดัดแปลงจาก Webb and Knapp (1990) ให้เห็นคุณภาพอีเด็นเอดีที่สุด จากนั้นศึกษาระดับความเข้มข้นของสารละลายที่เหมาะสมในปฏิกิริยาอาร์เอพีดี-พีซีอาร์ โดยกำหนดตัวแปรที่ศึกษา 3 ตัวแปร ได้แก่ ดีเอ็นเอต้นแบบ ปริมาณความเข้มข้นของแมกนีเซียมคลอไรด์ และ tag DNA polymerase และกำหนดให้ความเข้มข้นของไพรเมอร์ และ dNTPs คงที่ คือ 0.6 และ 200 ไมโครโมลาร์ ตามลำดับ พบว่าการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอของปฏิกิริยาอาร์เอพีดี-พีซีอาร์ของละหุ่งที่เหมาะสมนั้น โดนอาร์เอพีดีไพรเมอร์ OPA03 ได้จากระดับความเข้มข้นของดีเอ็นเอต้นแบบ 10 นาโนกรัม แมกนีเซียมคลอไรด์ 3 มิลลิโมลาร์และ taq DNA polymerase 1 ยูนิต ในปริมาตร 20 ไมโครลิตร จากนั้นนำไปทดสอบเพื่อหาไพรเมอร์ที่เหมาะสมที่สามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอของละหุ่ง 9 สายพันธุ์ได้ โดยใช้อาร์เอพีดีไพรเมอร์แบบสุ่มทั้งหมดจำนวน 110 ไพรเมอร์ พบว่า 31 ไพรเมอร์ที่สามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอและให้แถบดีเอ็นเอที่ชัดเจน จาก 31 ไพรเมอร์นี้สองไพรเมอร์ที่ให้แถบดีเอ็นเอที่ไม่แตกต่างกัน ได้แก่ไพรเมอร์ OPC11 และ OPJ13 และ 29 ไพรเมอร์ให้แถบดีเอ็นเอมีแตกต่างและชัดเจน สามารถใช้เป็นเครื่องหมายอาร์เอพีดีได้จำนวน 153 เครื่องหมาย จากนั้นนำข้อมูลมาวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรม พบว่า ค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนทางพันธุกรรม มีค่าตั้งแต่ 0.243-0.870 บ่งชี้ว่าละหุ่งที่นำมาศึกษามีความหลากหลายทางพันธุกรรมในระดับต่ำถึงปานกลาง การจัดกลุ่มทางพันธุกรรม โดยวิธี UPGMA พบว่า สามารถจัดกลุ่มทางพันธุกรรมของละหุ่งได้ 2 กลุ่มใหญ่ ได้แก่ กลุ่มที่หนึ่งประกอบด้วยละหุ่งพื้นเมือง 4 สายพันธุ์ ได้แก่ พันธุ์พื้นขาวครีมลายน้ำตาลอ่อน พันธุ์พื้นขาวลายจุดน้ำตาลเล็ก พันธุ์พื้นดำสนิทลายขาว และพื้นขาวลายน้ำตาลอ่อน กลุ่มที่สอง ประกอบด้วยละหุ่ง 2 สายพันธุ์ ได้แก่ พันธุ์พื้นดำน้ำตาล ลายขาว และพันธุ์ทีซีโอ 208 ส่วนละหุ่งพันธุ์พื้นดำน้ำตาลอ่อนลายจุดขาว สายพันธุ์ Imdia2x25-1-4-3-2 และละหุ่งพันธุ์พื้นขาวลายดำ มีพันธุกรรมที่แตกต่างจากพันธุ์อื่น ๆ และไม่สามารถจัดรวมเข้ากลุ่มใดได้