จากการสัมภาษณ์ พระครูอุบลคณาภรณ์ เจ้าอาวาสวัดเลียบ เมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม 2554 ท่านได้เล่าถึงที่มาของพระแก้วนิลกาฬ ว่า ในขณะที่เป็นเจ้าอาวาสในปี พ.ศ. 2545 ได้พบกล่องลายไม้สักโบราณบนฝ้าแพดานกุฏิสุขสวัสดิ์มงคลซึ่งเป็นกุฏิหลังเก่าของวัดเลียบ อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานี ภายในกล่องบรรจพระพุทธรูป 3 องค์ ได้แก่ พระพุทธรูปบุเงิน 2 องค์ และพระแก้วนิลกาฬ 1 องค์ ท่านจึงได้นำมาให้ญาติโยมสรงน้ำสงกรานต์ เมื่อ พ.ศ. 2549 และได้จัดทำเครื่องทรงชฎามงกุฎทองคำซึ่งทำจากพลอยและทองคำแท้