หลวงปู่ทองรัตน์ กันตสีโล เป็นผู้เคร่งครัดในข้อวัตรปฏิบัติเป็นอย่างยิ่ง ท่านเป็นผู้มักน้อยสันโดษ และปฏิบัติมาก พยายามพากเพียรภาวนาอยู่อย่างสม่ำเสมอ เป็นพระที่ไม่ยึดติดในเสนาสนะ จำพรรษาแต่ละแห่งไม่นานมักจะย้ายวัด หรือออกธุดงค์ตามป่าเขาเป็นส่วนใหญ่ ท่านได้ธุดงค์ ไปทั่วภาคอีสาน ภาคเหนือ ภาคกลาง และประเทศพม่า