โรงเรียนเบ็ญจะมะมหาราช ได้รับการสถาปนาขึ้นเมื่อวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2458 โดยกรมหลวงพิษณุโลกประชานาถ เสนาธิการทหารบก ซึ่งมาตรวจราชการที่มณฑลอุบลราชธานี เป็นประธานประกอบพิธีเปิดและได้ประทานนามโรงเรียนว่า “โรงเรียนตัวอย่างประจำมณฑลอุบลราชธานีเบ็ญจะมะมหาราช”

อาคารเรียนหลังที่ 2 ของโรงเรียนเบ็ญจะมะมหาราช สร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2478 ด้วยงบประมาณ 40,000 บาท ออกแบบโดย “พระสาโรจน์รัตนนิมาน” สถาปนิกประจำกระทรวงศึกษาธิการ อาคารนี้ได้เปิดใช้เป็นอาคารเรียนจนถึงปี พ.ศ. 2516 โรงเรียนจึงย้ายไปอยู่ที่ท่าวังหิน