คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี แรกเริ่มเมื่อพุทธศักราช 2531 เปิดร่วมกับสถาบันภาษาและวัฒนธรรมในภาควิชาพื้นฐาน เพื่อให้บริการการสอนวิชาพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์ คณิตศาสตร์ ภาษาศาสตร์ มนุษย์ศาสตร์ และสังคมศาสตร์ ในนามภาควิชาพื้นฐาน วิทยาลัยอุบลราชธานี สังกัดมหาวิทยาลัยขอนแก่น และเปลี่ยนเป็นคณะวิทยาศาสตร์ เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม 2533

คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี รับนักศึกษารุ่นแรกสาขาวิศวกรรมเครื่องกล ในปีการศึกษา 2531 มี รศ.อุทิศ หิมะคุณ เป็นคณบดีคนแรก

คณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ได้ดำเนินงานมาพร้อมกับมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ซึ่งได้จัดตั้งขึ้นเมื่อ พุทธศักราช 2530 โดยมีฐานะเป็นภาควิชาเกษตรศาสตร์ วิทยาลัยอุบลราชธานี มี รศ.ดร.วรพงษ์ สุริยภัทร เป็นคณบดีคนแรก